pyinstallerは6.6.0、
nuitkaは2.2.2で確認。

altgraph 0.17.4
mpmath 1.3.0
Nuitka 2.2.2
ordered-set 4.1.0
packaging 24.0
pefile 2023.2.7
pip 24.0
pyinstaller 6.6.0
pyinstaller-hooks-contrib 2024.3
pywin32-ctypes 0.2.2
setuptools 69.2.0
sympy 1.13.3
zstandard 0.22.0

こんな環境です。