time()は分かりやすさと大多数にとっての満足を両立した妥当な選択だと思うよ
基本的には秒単位の方が分かりやすいし、プラットフォームによって精度が異なっていても小数点以下の精度が違うだけなら不自然にならない
タイムスタンプとしては一般的にはミリ秒またはマイクロ秒までの精度で十分、
むしろそれ以下を表示すると前述の通りプラットフォーム依存で不自然な値になるから普通は避ける
通信やベンチマークなど高精度な時刻が求められるユースケースを考えることはできるけど、
そもそもPythonのインタプリタやランタイムはマイクロ秒オーダーのオーバーヘッドがあるから実質的にはそれ以下は無意味
time()の理論上の一番の問題は時間経過とともに精度が低下することで、現実に問題にならないとしても気になる人はいるだろうね