>> 個人的にはもしPHPが再び Oniguruma を取り込む場合は fix_351_349 ブランチ を取り込むことをおすすめします。
>PHPは互換重視、というより、互換絶対、だ。だから厳しいだろう。

了解です。私は頓珍漢なことを言っていたようです、すみません。

> 昨日mergeしたのか？

いえ、これは私がOnigurumaをforkしたリポジトリでのmargeです。
このmargeは不適切ということでforkしたリポジトリは削除しました、ご指摘ありがとうございました。
(セキュリティ上の理由でforkしたリポジトリは非表示に出来ないようです)

> fix_351_349ブランチ

現時点ではこの動作の切り替えは以下のマクロでしているようです。

#ifdef USE_DIFFERENT_CHAR_LENGTH_MATCH_BY_IGNORECASE
https://github.com/kkos/oniguruma/blob/5d0506c66c4d3613912fa81d7d1b99f83dbea8e2/src/regcomp.c#L4767

>> Therefore, choices for elements other than the character class are generated after the character class.
>ちなみにこの意味が分からない。

これは /(?i)[\S]/ を /(?-i)(?:s|t|st|ss)/ とみなす、だと思います。
"s|t" に続いて "st" と "ss" の選択肢が追加されるという意味だと思います。