一般的な話ならchar以外の>>で一貫した挙動を期待するのに無理がある
期待した文字が来なかったらungetするかどうか？ファイル最後の改行をどうするか？シグナルが来たら？とか色々あるし
ケースBで言えば"B"の後に文字が続いていればs2に含まないといけないのだから内部的にはケースAで言えばc3まで試し済みの状態
EOFフラグを見るのではなく例外で受け取ったほうが確実