expression template を auto で受けるとまずいってのは Eigen みたいな設計の話かな。
あれはムーブがない時代の設計だから一時オブジェクトの参照を保持してしまう (先に一時オブジェクトが解体されて寿命管理が破綻する) のが問題なのであって、解決のための仕組みが与えられたにもかかわらずそれを使ってない設計が悪い。
expression template の仕組み上でどうしても解決できないというわけではないし auto のせいでもない。

ムーブのコストすら許容できないだとか、古い C++ (C++03 以前) もサポートしなきゃならないみたいな事情があるなら「すまんけどこのライブラリを使うときは注意して」というべき筋合いの話で、「auto なんか使っとるからじゃ！」みたいな態度はおかしいだろ。