旅客が乗車経路(≠最短経路。重複なし)を申告する。
↓
69/70条により、運賃計算経路を最短化すると同時に、乗車経路の不指定が発動する。
↓??
運賃計算経路に重複が発生する。
↓??
基109により、運賃計算経路を申告経路にするという選択肢が追加される。(乗車経路の指定方については言及なし)

そもそも、基109が69/70を否定するものなら、｢〜69条及び70条の規定を適用しないことができる｣という表現になるだろJK
その前に、規程に規則による縛りを緩和する扱いはあっても、規則そのものを無効化する力はないだろう。