規69(6)と基109を抜いて繋げて、言葉を変換すると、こういうことだろ。

第69条
(6) 第67条の規定にかかわらず、【 山科以遠（京都方面）の各駅と、近江塩津以遠（新疋田方面）の各駅との相互間 】の普通旅客運賃・料金
は、その旅客運賃・料金計算経路が【 東海道本線・北陸本線 ／ 湖西線 】の両線路にまたがる場合を除いて、【 湖西線 】の営業キロによっ
て計算する。この場合、この区間内については、経路の指定を行わない。
この区間の一方の経路【 湖西線 】を通過した後、再び同区間内の他の経路【 東海道本線・北陸本線 】を乗車する場合の普通旅客運賃は、旅
客の実際に乗車する経路【 湖西線 】の営業キロによつて計算することができる。

経路の不指定はおろか、69条の規定そのものを否定する要素すらないぞ。