どの指使うかは人それぞれだと思うよ。別に決まっちゃいないでしょ。

それはともかく、XF86Config(-4も含む）には、
Buttons 5
ZAxisMapping 4 5
を書かないとホイール認識しないよ。
ZAxisMappingはデフォで書いてあるのもあるかもしれないけど、
Butttonsは書いてないことが多いから、書くと動くかもね。