どっちもどっちだろ。
WebDAVはストレージのモデルなんだからOSが管轄する実行属性の概念がないだけ。

拡張子で勝手に実行ビットを立てるのもWindowsの概念ちゅーか慣習ちゅーかを
持ち込んでいるわけで、しかもWebDAVだけでなくUNIXに持ち込むに等しい。
>>316 の末行はWindowsユーザにとっては隠蔽だけどそうでないユーザには
勝手な未定義動作であって隠蔽ではない。

WebDAVで持ち込んだものをUNIX上で実行したけりゃ別途UNIX的実行権限を与えるのが
適切。WebDAVクライアントに持たせるのが嫌ならそういう操作するページを作れば。

まあ何がいいたいかというと自分も概念を勝手に持ち込んでいるのに
WebDAVの実装にUNIX由来のファイルシステムの概念を入れるのは賛同できないから
とか下手な理屈つけて格好悪いってこと。
>>316はUNIXとWindowsのヘテロな混在環境を運用した経験がないんだろうな。