うーん、それソース直すしかないです。

元ソースでは .DAV しか表示抑制しないので、fs/repos.c の
dav_fs_walker 関数の中にある

　/* skip the state dir unless a HIDDEN is performed */
　if (!(params->walk_type & DAV_WALKTYPE_HIDDEN)
　　　&& !strcmp(dirent.name, DAV_FS_STATE_DIR)) {
　　　continue;
　}

を

　/* skip the state dir unless a HIDDEN is performed */
　if (!(params->walk_type & DAV_WALKTYPE_HIDDEN)
　　　&& is_hidden_file(dirent.name)) {
　　　continue;
　}

のように変えて、

　static int
　is_hidden_file(const char *name) {
　　　...
　}

という、引数 name を調べて隠したければ真、表示したければ
偽を返すような関数を作る必要があります。

隠しファイルを設定でパターン指定するパッチ、1.3 用なら
あるんですが、2.x 用はないのでとりあえず情報まで。