ごめんなさい、バグってます。
CVSでは nkf.c rev:1.71 治っておりますので、よろしければそちらをお使いください。
http://cvs.sourceforge.jp/cgi-bin/viewcvs.cgi/nkf/nkf-2/nkf-utf8/nkf.c?rev=1.89&view=log#rev1.71
なお、2.0.6は桜が咲くころには出す予定です。