力いっぱい亀レスだけど、回答が出てなさそうなのに答えてみる。
バージョンは 2.5.18。

>>48
WindowListは選択されたWindowに WindowListFunc を適用するので
 DestroyFunc WindowListFunc
 AddToFunc WindowListFunc I Iconify off
 + I FlipFocus
 + I Raise
を関数の所に追加。

>>180
*FvwmTaskBar: Startcommand Exec exec hoge &
みたいな感じでどうでしょう。

>>218 >>298
*FvwmTaskBar: NoDefaultStartButton
↑を設定して他のStartButton関係の設定は削除 or コメントに。

>>318
含めないようにするのは分からないけど、一番最後にするのはある。私は、
 WindowList Root c c NoDeskNum, NoGeometryWithInfo, \
 NoGeometry, NoCurrentDeskTitle, CurrentAtEnd
という感じで設定してるけど、「CurrentAtEnd」がそれ。

>>335
EwmhBaseStruts 0 0 20 0
とか。「20」の部分はタスクバーの高さにしよう。