ktermの問題は
termcap (この場合は terminfoか) が知っているファンクションキーの
シーケンスと実際のシーケンスが違うせいだと思う。
cat とかやって、ファンクションキーを押して生のシーケンス見てみ。
infocmp kterm とやって出てくる値と違うだろ。

解決方法はしらないけど、
terminfo を書き換えるってのが妥当じゃないかね。

それと、ktermではXresourcesにこれを追加しとけ:
KTerm*VT100*EightBitInput: false
これで Alt+ほげ が ESC + ほげ のシーケンスで送られるようになる。