RedHatでもFreeBSD4.8Rでもnetatalkを日常でヘビー使用しているけど。その手の現象は出ないなぁ。

・/usr/src/sys/i386/conf/以下のカーネルコンフィグ
options NETATALKまわりとか。
もしGENERICを使っているならdmesgをみてカスタムカーネルにしてみるとか。

あと
・マザーボード
・メモリ
も怪しいかも。
memtest86を一晩走らせてエラーが出るかどうか見るとか。