UNIXのプロンプトを使っています。
UNIX用のアプリを入れると、そのアプリのなんちゃらrc等の設定ファイルや別のファイルが
ホームフォルダーにできます。別のところにまとめて移すと入れたアプリが起動しなくなる
とおもうので動かせず、このままいろいろアプリを入れるとホームフォルダーがごちゃごちゃ
して汚くなるとおもっています。
どうすれば整理できるのでしょうか？（それぞれのアプリの起動させるときに参照するrcの
ようなファイルをどこか別のフォルダーに移動し、プロンプトでそのアプリの名前を
打ったときに、その移した先のrcを読み込んでアプリを起動させるということが可能なの
でしょうか？）
やりかたを教えてください。（前にホームフォルダーにアプリのインストール時に
入ったファイルを消してそのアプリを起動させたら動きませんでした）