>>147
libtoolのインストール先は他のautoconfやautomakeと同じprefixでしょうか？
確か最近のAutotoolsは同じprefixにしないと問題があるとMLに流れていたと思います。
# ググってもCygwin関係の話しか出てこない (^^;
確認してみてください。

また、(2)の最初の環境ではそのような問題は無いと思うので、
一度、buildディレクトリをクリーンにして試してみてください。
make maintainer-clean だったっけ？
その後で、autoreconf -f -i -Wall
してみてください。
autoconfとautomakeのバージョンによっては、
autoreconfがうまく動作しないかもしれないので、
そのときはちょっと困ります。

config.logあたりに何故できないかの情報があるかもしれないので、
ながめてみてください。