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GNU Autoconf/Automake/Libtool
ttp://www.amazon.co.jp/Autoconf-Automake-Libtool-Gary-Vaughan/dp/4274064115/

P48 6.5:よくある質問　から引用
ライブラリのソースが複数のサブディレクトリにあるとき、どうmakeしたらよいでしょうか？

ライブラリではほとんどの場合、libtoolコンビニエンスライブラリを使うことで簡単に解決できます。
しかし、プログラムについては簡単な解決策がなく、パッケージの構造の変更を選ぶ人が少なく有りません。
Automakeの次期メジャーリリースでは、この問題に進展があるはずです。


最新verならできるのかな？この本が翻訳された段階(平成13年)ではまだ無理っぽいみたいだし