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とりあえず、autoconf-2.61 でだけど。
本論と関係ないけど、AC_CHECK_HEADER は HAVE_* を自動で定義してくれなくて、AC_CHECK_HEADERS が、HAVE_* を自動で定義してくれるような。

で、

AC_CHECK_HEADER(test.h, AC_DEFINE(HOGE_HAVE_TEST_H, [], [Define to 1 if you have the <test.h> header file.]))

みたいな感じで自前で書けばいいと思う。autoheader も拾ってくれてるみたいだし。
デフォルトで定義されてしまう分(configure 自体に使用される)についても名前を差し替えたい場合には、_AC_INCLUDES_DEFAULT_REQUIREMENTS か
AC_INCLUDES_DEFAULT の再定義が必要。

ここまで書いて思ったんだけどさ、ライブラリ作成環境と実行環境で HAVE_* の状態が違っているなら正常動作しなくても当然なんじゃない？