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ライブラリを使う側でいちいちどのマクロを定義してやる必要があるかを考えるのが面倒くさい…と思ったんだけど、
そのライブラリ用に Autoconf マクロを作ってしまうというのでその点は解決するか。
その上で、ヘッダ側では

#ifdef HAVE_CONFIG_H
#include <config.h>
#endif

しておけば OK かな。