各ソフトウェア、バージョン毎に、--prefix=/opt/freeware/hoge-123してインストール。
で、hoge-123以下のディレクトリ以外の全てのファイルを

/opt/local以下にsymlnk張るスクリプトと、
逆にリンクを削除するシェルスクリプトかいてやってます。

・・・泥臭いかな