>>383
あれからkinput2と格闘し、状況が進展しました。

FC6 extrasの、kinput2-v3.1-29.fc6 のソースの中に含まれる
patchをすべて外し、オリジナルの kinput2-v3.1.tar.gz だけで
野良makeして kinput2を作ってみました。

すると、無事動作しました!!! (変換候補ウィンドウを開いても落ちません)

(野良makeでは Wnn対応のみで makeしました)

ということは、ソースパッケージの中のどれかのpatchが原因と思います。
メンテナの方、もし見ていたらアップデートよろしくです。

当面は野良make最強ということでしょうか、、、