原因のpatchがわかりました。
↓のpatchを外すと正常動作します。(FC6 extrasのkinput2に含まれているものです)

Patch4: kinput2-v3.1-wm_state_above.patch
Patch5: kinput2-v3.1-wm_delete_window.patch


ちなみに、Patch5だけ外しても症状は改善しません。
Patch4だけ外そうとすると、Patch5が当たらず、rebuildがエラーになります。
なので、Patch4 Patch5の両方を外して、正常動作を確認しました。