eshell-modules-list は次のように自分で設定していて実際の値もこれと同じでした。
(setq eshell-modules-list '(eshell-alias eshell-banner eshell-basic eshell-cmpl eshell-dirs eshell-glob eshell-hist eshell-ls eshell-pred eshell-prompt eshell-script eshell-term))
なぜデフォルトにあった eshell-unix が抜けているのかは、思い出せず。

で、これをきっかに設定を見直したところエスケープシーケンスが反映されていない原因は、
eshell-output-filter-functions から eshell-handle-ansi-color を外していたからでした
これもまたなぜ外してしまったのか。。。

ただeshellのデフォルトの TERM=dumb の状態だと git log のあとで
警告が出てRETURNを求められるのは相変わらずです。