KDEやGNOMEの場合、一見root windowに見える背景はroot windowでなく
KDEやGNOMEが自前で表示しているウィンドウだからな

(簡単にいえば、常に画像ビューワが最大表示で開いていて、その手前に
各アプリケーションのウィンドゥが開いているような状態)

ルートウィンドゥの代わりに特定ウィンドゥに描画するオプションがあれば
対応可能だろうが、とりあえずxsnowを見た限りではそれっぽいオプションはなかった