mboxでも良いんですけど、みんな大量にメールを溜めるんですよ。
pop3dがqpopperなんですが、コピー作るのに結構負荷がかかってるようなんです。

別に立ててるサーバ(OS Linux/FS XFS)では、IMAP4も使いたかったので
courier-imapd/pop3d(+dovecot)使っていて、
メールがたまってても速かったから、Maildirがいいかなと思ったんですが、
もう少し調べた方が良さそうですね。人数も少ないのでそれが効いてるかも知れない。

最近のqpopperは知らないけど、もしかしてコピー抑止できるのかな。
他のpop3dも調べた方が良さそうですね。