まとめてみた

ntp.nict.jpのDNSラウンドロビンでは現在5個のIPアドレスが引ける。
うち4個は逆引き可能で、ntp-[ab][23].nict.go.jp
残りの1個が問題の 210.171.226.40 で、逆引き不可。

で、210.171.226.40は(少なくとも外部から)アクセス不可。

getaddrinfo()関数を使ってIPアドレスを引くと、何度引いても
常に 210.171.226.40 が1番に引ける。
(異なるドメインの異なるOSで再現性確認)

hostコマンドやgethostbyname()を使うと
IPアドレスが引ける順番は毎回変わるので問題なし。

ntpdはgetaddrinfo()を使ってるっぽい。

>>141 >>148
あたりで議論されているように、
ntp.confに server -4 ntp.nict.jp の同じ行を3行書いても
常に 210.171.226.40 だけが引ける。

結果、210.171.226.40 が落ちてるので同期しない。