出来ました。

例えばカナキーがオンの時だけ漢直をオンにしたい場合。
まず、config.jsの上の方(「kHelperで表示する、入力済文字ガイドの数」
というコメントの上あたり)で、カナキーをモディファイアキーにします。
こんな感じです。

// カナキーをモディファイアとして登録
sirius.registModifier('KANA', sirius.vk('VK_OEM_COPY'));

で、グローバルマップ内の漢直を接続している所を以下のようにします。

旧＞
// 超絶技巧入力
includeMap('IME+IMESTR/', sirius.require('map/chouzetsu.js')),

新＞
// 超絶技巧入力
includeMap('KANA+IME+IMESTR/', sirius.require('map/chouzetsu.js')),

上のは超絶の例ですが、利用している漢直に応じて設定する箇所は変更して下さい。