初心者板で聞いてきました。「&」って書くのね…。

pdftotext -enc UTF-8 -htmlmeta "$infile" - 2> "/dev/null" \
|sed '/<pre>/,/<\/pre>/{s/&/\&amp;/g;s/</\&lt;/g;s/>/\&gt;/g}' \
|output

その中に含まれる <, >, & を &lt;, &gt;, &amp; に変換してくれません(バグ)。