x_n:1列目，y_n:2列目のデータが並んでいると仮定して書くけど、
f(x)=a*x+b
fit f(x) なんちゃら using 1:2 via a,b
ここまではできたということだよね？
「相対誤差を知りたい」って相対誤差をプロットしたいってことかな？
相対誤差の定義もいろいろと有ると思うけど，こんなんでどうでしょう？

plot なんちゃら using 1:(($2-f($1))/$2)