wordからPDF化した時の不具合は多分これと同じ問題かな。
ttp://ayapin-film.sakura.ne.jp/Gnuplot/trees.cgi?log=&v=2604&e=msg&lp=2604&st=10
どうしてもeps経由する必要があるのか、
古いバージョンのGnuplotしか使えないならしょうがないけど、
最初からemfで吐くので良ければ、4.6.3のemfターミナルがおすすめ。
自分はLinux上のGnuplot4.6.3でemf作って、
MS wordに貼り付けてるけど、問題起こったこと無いよ。