マニュアルを読んで工夫すれば,かなり使える強力なツールだと思う.
自分はgnuplot単体で論文掲載用の図まで作っちゃうけど,
いろいろトリッキーな使い方をしていて,それができるgnuplotが気に入っている.
要は工夫する頭があるかどうかだと思う.