>>515 >>516 >>517 >>519

もっと具体的にモデルデータをつけでもらえませんか。ver. 5ならデータブロックでスクリプト内にデータがかけるので。

また、

set dgrid3d
splot "scatter.dat" using 1:2:3 with lines, \
"scatter.dat" using 1:2:3 with impulses

set tableで外部ファイルに吐き出させたデータ(長ければ、その一部)も書いてもらえませんか？

具体的なことがわからないとどこで質問しても答えはつかないと思います。