デフォルトのフォントセットで日本語と欧文に別のフォントを設定していると、
モナーフォントの設定が日本語部分に適用されません（ベースの欧文フォントは変更される）。
過去にも数回報告があるようですがいずれも未解決のままです。

モードやバッファごとに別のフォントセットを使用する方法はあるでしょうか？
そうすれば基本のフォントセットを変更してモナーフォントを適用できると思われます。
ちょっと調べた限りでは無理なようですが。
モナーフォントを設定しているコードの方は私には手に負えそうにありません。

(There needs to be an explanation for how to set fonts for particular
modes or buffers here. Including a set-face-attribute hook as
described above for a particular mode does not work; once you enter
that mode the new font is set, but it is applied globally to all other
open buffers!)

https://www.emacswiki.org/emacs/SetFonts