subversionで管理したとき似たようなことが起きた（チェックアウトするとシンボリックリンクじゃなくなってる）
windowsのファイル属性の「システムファイル属性」が付いてないとシンボリックリンクとして認識しないよ

そのときは特定フォルダ以下が全部シンボリックリンクだったからバッチファイルで全部にattribかけれるようにして暫定処置した