>>890の続きです。
https://qiita.com/takeh1k0/items/ff84cb85bfffedc75066
に従って、ltjsarticle.clsを書き換えました。
そうしてもエラーが出ました。

また、元々のltjsarticle.clsをみたところ、
\jsc@setfontsizeというふうにjscが入っているという違いが上のリンクとの間に
あっただけなので、jscを削除しました。
そういう程度で, jscを取り除いただけです。
取り除くことが正しかったのかは疑問です。というのは
\abovedisplayskip 11\jsc@mpt \@plus3\jsc@mpt \@minus4\jsc@mpt
という行がltjsarticle.clsのnormalsizeの定義のすぐ下にあります。そういうところ
にもjscというのが入っているからです。
　そもそも、microtypeパッケージをltjsarticle.clsで使うことのエラーの修正
については、すでにされているということではないのか、（jscを削ると
いう程度になっているので）とおもいます。
https://texwiki.texjp.org/?Pandoc#h2f8de68
には
pandoc で documentclass に LuaTeX-ja の ltjsarticle を指定して lualatex を実行するとエラーが発生す現象は 2015-01-07 に修正されました．
と書いています。修正されたのに、なぜだか、エラーがでるという状況かもと
おもいます