演算能力の高いいまの PC ではどうかわからないけど ls-R ファイルは
昔の PC では TeX のシステムが必要なファイルを直接探すのは非常に時間がかかってそれをどうにか短縮させようということで
TEXMF ディレクトリを決めてその直下に ls-R ファイルを記述することにより検索効率を高めようという狙いの元作成されるファイルです

それを TEXMF の上位ディレクトリである /usr/local/texlive に ls-R ファイルを作成するということは検索効率の低下を意味するんだけど
そういうことわかって setenv TEXMF /usr/local/texlive にしたいわけなのかな？