>>971
ls -r って本当に -r オプション？ -R オプションのタイポなのかな？
-r なら -R と異なるのは当たり前かな？

実際 /usr/local/texlive/2017/texmf-dist で ls -R を行った結果を diff してみたけど ls-R ファイルと細かい部分を除き(ls-R ファイルの先頭に「% ls-R -- filename database for kpathsea; do not change this line.」があるとか)同じだったよ

もし本当に ls-R ファイルと ls -R の実行結果が大きく異なるのであれば >>971 さんの TeX のシステムに異常があるんじゃないのかな？