>>17
sshd立ち上げて簡単な作業するだけならMSYS2がある
PCのフルリソースで計算したいならやっぱCygwin
OpenBLAS使えばCPUの全コアでSSE2やAVXなどのSIMD命令使って計算できる

仮想環境だとフルには使えないからな