>>836
>.emacs.dが上書きされる
sessionのことなら何が問題なの?
init.elは自分で書き換えることをしなかったら上書きされないだろ。

異なるバージョンならインストール先を変更したらいいだけでは?
$ /usr/bin/emacs --version |head -1
GNU Emacs 22.1.1
$ /opt/local/bin/emacs --version | head -1
GNU Emacs 25.3.1
こちらはこの2つを入れているけど、どちらもちゃんと動作するよ。
自分は特にしていないけど、必要があればinit.elはバージョンで分岐すればいいだろ。