ひとつ思いついた。
Windowsとその他のOSの大きな違いとして、
Windowsはcase insensitiveなのに対して、他のOSはcase sensitive。
つまり、Windows以外では、a.texとA.texとa.TEXとA.TEXは全て異なるファイル。
A.TEXが存在するところで、\input{a.tex} としても当然エラーになる。
A.TEXは存在してもa.texは存在しないから。