たぶんi386互換機能かLinux互換機能の問題と推測していますが
amd64環境下でこれらの機能を使った場合にアプリからシステムが
どう見えるのかに関する資料ってありませんかね？

どちらか、もしくは両方が不適切な状態になっていると仮定すると
説明つきますが、確認する方法がわかりません