viのシンボリックリンク先とコピペの機能は関係ないだろ。
シンボリックリンクなら、削除して作り直せばいいし。
ターミナルアプリは、マウスで事前選択時点でクリップボードにコピペされてる。
Gnome Terminal なのか、他なのかは知らんが。