考え方の違いだと思う。

FreeBSDは初期導入時にBSDライセンスでないサードパーティー製の
プログラムをなるべく含ませないようにしている。

必要ならあとから追加してね、という考え方。

多くのLinuxのディストリビューションではインストール時に
デスクトップ環境を入れるかどうか選択できる。

LinuxでもGPL以外のライセンスを極力含めないというディストリビューション
がもしあれば初期導入時にデスクトップ環境はないかも知れない。

SlackwareやArchLinuxもインストール直後はデスクトップが起動しなかった
ような？違いますか？

FreeBSDはLinuxの一種ではないが、UbuntuなどのLinuxしか使った事がない人が
驚愕するのは理解できる。