ありがとうございます。

お尋ねしたのはdired-ではなくwdired-modeのバッファで
ファイル名に対してquery-replace等で置換を実行した場合です。

diredでディレクトリを表示してM-x wdired-change-to-wdired-mode
M-%等でファイル名に対して置換を実行