>>245 >>279
まずは、もっともシンプルな、X Window System 環境で、
「twm」を試されましたか？

大昔、質問スレ121で質問して、自己解決したんですが、
使用中に突然と発生するので、再現しようもなく、
原因不明のままではあったものの、回避できました。

nvidia-driver（xf86-video-nv でない、nVIDIA提供版）と
afterstep1.0英語版（i18nで日本語化したものではなく）で
「pkg upgrade」後、窓の移動がおかしくなるという状況でした。

タイトルバーを持って、窓を動かしても反応がなく、
フリーズした感じになり、Load Average が上がります。
（conky や xload は動いているし、マウスなども正常）
ある程度待つと反応が戻りますが、それまでの窓を移動する
動きがまとめて処理され、窓がバタバタ動き回っていました。

それで、twm を試すと、ごく普通に動いたので、
これをきっかけに ctwm に乗り換えました。
何かが変更されたタイミングの問題だと結論づけました。

低スキルなので、この程度の助言しかできないキリッ。