>>60 >>62 >>65
3ヶ月以上まえのことの上、自己レスしかもスレ違いですが、原因がわかったので
一応書いておきます。

login時のmailcheckをしてるのはbashだと思いこんでいたのですが、
pam_mail.soでした。
で、/etc/pam.d/loginの該当部分を

session optional pam_mail.so standard dir=~/Maildir

とすることでlogin時のmaildirのmailcheckに成功しました。