現状でのまとめとしては

コマンドプロンプト
w32tm /config /manualpeerlist:"server1,0x8 server2,0x8 ..."
w32tm /config /update
w32tm /resync
sc config w32time start= delayed-auto

レジストリ
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\W32Time\Config
　MaxPollInterval 8 or 10
　MinPollInterval 6
　UpdateInterval 100

ってとこかな

詳細なログ取りには
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\W32Time\Config
　EventLogFlags 3
　FileLogFlags 2
　FileLogName (お好きなように)
　FileLogEntries 0-300
　FileLogSize 10000000
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\W32Time\TimeProviders\NtpClient
　EventLogFlags 3
を追加で