ツールに cmd /c start %v を登録して、開くURLを
c:\kidoshitai.exe http://url/
にすると、それで起動されるとか、

改造HTTPプラグインに付属の app.js を登録して、開くURLを
http://url/ /app:c:\kidoshitai.exe
にすると、それで起動されるとか。

アプリはコメントに書いて、%m %v にしておいてもいい。