>>473
基本的なこと聞くけど、
Avidemuxを使っているとのことなので、
恐らく、無劣化結合（エンコード無でダイレクトに結合）していると想定すると、
GOP単位でカットされた動画を結合していますか？

「GOP単位」については、分からなければ、ググってもらうとして、
無劣化結合するなら、GOP単位について知らないと、
どのソフトを使っても、うまく行ったり、ダメだったりの繰返しで、
よく分からないままになってしまうと思うけど。