･REP/SEPによるレジスタサイズの変化に追従して、サブルーチンが呼び出されるたびに
呼び出されたアドレスとレジスタサイズを記録して
それを元に呼び出されたサブルーチンを再度読み直しをするようにする

･アブソリュート･インデックス･X･インダイレクトの命令で、例えば
FC D192　：　jsr (92D1,x)
ってのがあったとして、92D1以降から、↑で記録されている最短のサブルーチン開始アドレスまでは
2バイトのアドレスとして読み込む

これらを実現できれば読み間違いは大分減ると思うがどうか。
個人的にはサブルーチン呼び出しをツリーにしてエクスプローラ感覚で操作できる
逆アセンブラがあると面白いと思う